TBE-尿素-PAGE电泳可以选择RTM501 单链DNA Marker(25-75 nt)和RTM506 单链DNA Marker (15-120nt)作为分子量标准。
DNA尿素PAGE电泳试剂盒
DNA Urea PAGE
Electrophoresis Kit
货号
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名称
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规格
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RTE4102
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DNA尿素PAGE电泳试剂盒
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60次
(1mm厚12%胶)
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● 产品组成:
货号
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名称
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规格
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保存条件
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AC2914-01
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40%PAA(29:1)
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100 ml
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4℃
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TB002
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10×TBE
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500 ml
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RT
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RU5080
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尿素(电泳级)
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220 g
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RT
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AP020P
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APS(干粉)
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5 ml
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RT (配制后-20℃贮存)
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TA0761-01
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TEMED
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0.5 ml
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4℃,避光
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DL080-01
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2×TBE尿素上样缓冲液 (尿素变性胶)
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1 ml
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4℃
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● 产品简介:
DNA尿素 PAGE 电泳是研究寡核苷酸电泳的重要研究手段。可以检测2-500碱基的寡核苷酸片段,理论上可以分辨出相差一个核苷酸的片段。
本公司提供的DNA尿素PAGE电泳试剂盒包含凝胶制备及电泳所需的全部试剂,用户只需自备制胶器具和蒸馏水,即可配制各种浓度的PAGE胶,使用方便。
按照每次制备7 ml 10%凝胶(大小10×8cm,1mm厚度)计算,试剂盒可使用至少60次。
● 贮存和运输:
试剂盒按照标签温度贮存,有效期一年。试剂盒常温运输。
● 使用说明:
一、制备凝胶:
10% APS配制-5 ml:
将0.5 gAPS干粉溶于5 ml灭菌水中,彻底溶解后分装,1 ml/支,-20℃备存,每次取一管使用。10% APS应尽量减少室温存放时间,以防失效。10%APS在4℃有效期为一周,-20℃有效期12个月。若发现凝胶聚合时间延长,应考虑更换使用-20度保存的10% APS。
1.1.参照凝胶模具说明书,装配好凝胶模具。
1.2.分离胶配制:根据表格一,将不同体积的成分混合,漩涡搅拌至尿素彻底溶解。
表一 TBE-尿素PAGE分离胶配方表 (总体积5 ml,适用于厚度1.0 mm小板胶)
单链DNA长度
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最佳凝胶浓度
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尿素(克)
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40%PAA
(29:1)
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10×TBE
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补水到总体积
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10%APS
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TEMED
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200-1000 nt
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5%
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2.1克
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0.625 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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50-400 nt
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8%
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2.1克
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1 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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40-350 nt
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10%
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2.1克
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1.25 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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30-300 nt
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12%
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2.1克
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1.5 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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10-150 nt
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15%
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2.1克
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1.875 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
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5 μl
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8-120 nt
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20%
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2.1克
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2.5 ml
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0.5 ml
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5 ml
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50 μl
|
5 μl
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1.3在凝胶模具中灌入适量分离胶溶液(对于mini-gel,凝胶液加至约距前玻璃板顶端1.5 cm或距梳齿约0.5 cm即可),然后在分离胶溶液上轻轻覆盖一层1-5
cm的水层,使凝胶表面保持平整。
1.4静置10-20分钟,待分离胶和水层之间出现一个清晰的界面后,说明凝胶已聚合。
注:凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时,聚合较快;冬天气温低时,聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。
1.5去除覆盖在分离胶上的水层;按照表二将不同体积成分在一个小烧杯中混合;最后加入10%过硫酸铵和TEMED,轻轻搅拌使其混匀,避免产生气泡。
表二 TBE-尿素PAGE 4%浓缩配方表 (总体积2 ml,适用于1.0mm厚度胶)
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各组份体积(ml)
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凝胶浓度
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尿素
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40%PAA(29:1)
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10×TBE
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灭菌水
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10%APS
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TEMED
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4%
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0.84克
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0.2 ml
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0.2 ml
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补水2 ml
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20 μl
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2 μl
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1.6将浓缩胶溶液加至分离胶的上面,直至凝胶溶液到达前玻璃板的顶端;将梳子插入凝胶内,避免产生气泡。
1.7静置30-60分钟,等待浓缩胶聚合。
注:凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时,聚合较快;冬天气温低时,聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。
二、电泳:
2.1. 预电泳:拔出梳子,用1×TBE缓冲液彻底冲洗加样孔2-3次,去除残余的尿素。电泳槽内外加入适量1×TBE缓冲液稳压200 V预电泳30分钟。
注:试剂盒配套的10×TBE缓冲液仅够配制凝胶用,1×TBE电泳缓冲液请自己制备,配方如下:
终浓度
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顺序
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原料
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1升
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5 升
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89 mM
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1
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Tris碱 [MW121.14]
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10.8 克
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54克
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2 mM
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2
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EDTA 2Na·2H2O [MW372.24]
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0.744 克
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3.72克
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89 MM
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3
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硼酸 [MW61.83]
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5.5 克
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27.5克
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4
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超纯水最后定容至
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1 升
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5 升
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最后pH在8.2-8.3之间,可以不用调节pH,记录每批pH
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2.2. 取 3-5
μl样品,加入等体积2×TBE尿素上样缓冲液,70℃处理5 分钟后立即冰浴,上样。
2.3. 连接电源线,打开电源开关,按照以下条件电泳。
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恒电压
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起始电流
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结束电流
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电泳时间
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适用条件
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推荐电压
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200V
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15-20 mA/板胶
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10-15 mA/板胶
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60+ min
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最佳电压,最优的分辨率
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2.4. 等待上样缓冲液的溴酚蓝指示前沿到凝胶底部时终止电泳,取出凝胶进行后续实验。
变性胶浓度
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溴酚蓝
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二甲苯菁
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5%
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35 nt
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130 nt
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8%
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19 nt
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75 nt
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10%
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15 nt
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55 nt
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15%
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10 nt
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52 nt
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三、染色:
3.1 单链DNA可以用单链DNA PAGE电泳染色试剂盒(货号:RTS5103),核酸PAGE电泳染色试剂盒(货号:RTS5102)或核酸快速银染试剂盒(货号:RTS5101)进行染色。
● 实验示例:
1.
使用单链DNA
PAGE电泳染色试剂盒(货号:RTS5103)染色:
2. 使用核酸PAGE电泳染色试剂盒(货号:RTS5102)染色:
3. 使用RealSafe Red核酸染料(货号:GR002)染色:
4 使用核酸快速高灵敏度染色试剂盒(货号:RTS5101)染色:
使用RTE4102 DNA尿素PAGE电泳试剂盒 产品发表部分文章列表:
1. [2022 IF=9.23] Precision-SELEX aptamer
screening for the colorimetric and fluorescent dual-readout aptasensing of AFB
in food.
Author: Ying Li, Boyu Jia, Pengyue Song, Nan
Long, Linchun Shi, Peng Li, Jiabo Wang,Lidong Zhou, Weijun Kong
Product: RTE4102 DNA尿素PAGE电泳试剂盒
Journal: Food Chemistry 436 (2024) 137661
Institution:School of Traditional Chinese Medicine,
Capital Medical University
Paper link: https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2023.137661