单链RNA Marker（15-50 nt）
● 产品编号及规格：
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货号
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名称
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规格
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贮存
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RTM505-01
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单链RNA Marker（15-50 nt）
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60 μl
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-20℃
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RTM505-02
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2×RNA上样缓冲液 (尿素变性胶，RNase-free)
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1 ml
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-20℃
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● 产品简介：
单链RNA Marker由不同长度的单链RNA分子混合而成，5条带的大小为15，20，25，30， 40，50
nt。样品保存在 TE缓冲液中，每条带浓度约为100 ng/μl（配成即用型RNA Marker后，每条带的浓度约为50
ng/μl）。使用前与等体积2×RNA上样缓冲液混合即可上样电泳。该Marker适用于跑尿素变性胶，电泳后可以使用核酸染料如RealSafe
Red（货号：GR002）或RealSafe
All（货号：GR004）均可以染色得到清晰的条带分离效果。
产品内附带2×RNA上样缓冲液 (尿素变性胶，RNase-free)。以每次上样5
μl计算，混合好的单链RNA
Marker可以使用大约25次。
● 保存条件和运输：
-20℃贮存，有效期24个月；湿冰运输。
● 使用方法：
注：以下使用方法均以8×10cm凝胶 厚1.0mm示例，其他规格凝胶请适当调整。
一. 凝胶制备：
1.1 可以选择RNA尿素PAGE电泳试剂盒（Cat：RTE4103））或按照以下程序制胶。
1.2．分离胶配制：根据表格一，将不同体积的成分混合，漩涡搅拌至尿素彻底溶解。
表一 TBE-尿素PAGE分离胶配方表 (总体积5 ml，适用于厚度1.0 mm小板胶)
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RNA长度
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最佳凝胶浓度
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尿素(克)
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40%PAA
（29:1）
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10×TBE
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RNase-free水
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10%APS
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TEMED
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200-1000 nt
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5%
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2.1克
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0.625 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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50-400 nt
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8%
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2.1克
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1 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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30-300 nt
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10%
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2.1克
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1.25 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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40-200 nt
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12%
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2.1克
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1.5 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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10-150 nt
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15%
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2.1克
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1.875 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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6-100 nt
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20%
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2.1克
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2.5 ml
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0.5 ml
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至体积5 ml
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50 μl
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5 μl
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1.3在凝胶模具中灌入适量分离胶溶液（对于mini-gel，凝胶液加至约距前玻璃板顶端1.5 cm或距梳齿约0.5 cm即可），然后在分离胶溶液上轻轻覆盖一层1-5 cm的水层，使凝胶表面保持平整。
1.4静置10-20分钟，待分离胶和水层之间出现一个清晰的界面后，说明凝胶已聚合。
注：凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时，聚合较快；冬天气温低时，聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。
1.5去除覆盖在分离胶上的水层；按照表二将不同体积成分在一个小烧杯中混合；最后加入10%过硫酸铵和TEMED，轻轻搅拌使其混匀，避免产生气泡。
表二 TBE-尿素PAGE 4%浓缩配方表 (总体积2 ml，适用于1.0mm厚度胶)
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各组份体积（ml）
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尿素
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40%PAA（29:1）
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10×TBE
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RNase-free水
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10%APS
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TEMED
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0.84克
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0.2 ml
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0.2 ml
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补至体积2 ml
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20 μl
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2 μl
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1.6将浓缩胶溶液加至分离胶的上面，直至凝胶溶液到达前玻璃板的顶端；将梳子插入凝胶内，避免产生气泡。
1.7常温静置30-60分钟，等待浓缩胶聚合。
注：凝胶的聚合时间与环境温度有关。夏天温度较高时，聚合较快；冬天气温低时，聚合时间会延长。可以根据环境温度的不同调节APS的加入量。
二. 样品制备：
2.1
取适量体积单链RNA
Marker样品与等体积的2×RNA上样缓冲液 (尿素变性胶，RNase-free)混合，70℃处理5分钟，冰浴制冷后待上样。待测样品也需要进行同样处理。
三.电泳：
3.1. 预电泳（可选）：电泳槽内外加入适量1×TBE缓冲液稳压200V预电泳30分钟。电泳结束后，用1×TBE缓冲液彻底冲洗加样孔2-3次，去除残余的尿素。
3.2.上样：根据梳齿确定Marker上样量， 一般是10齿1mm厚梳子Marker上样5 μl，15齿1mm厚梳子上样3 μl。
3.3. 连接电源线，打开电源开关，按照以下条件电泳。
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恒电压
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起始电流
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结束电流
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电泳时间
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适用条件
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推荐电压
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200V
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15-20 mA/板胶
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10-15 mA/板胶
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60+ min
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最佳电压，最优的分辨率
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3.4. 等待上样缓冲液的溴酚蓝指示前沿到凝胶底部时终止电泳，取出凝胶进行后续实验。
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变性胶浓度
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溴酚蓝
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二甲苯菁
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5%
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35 nt
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130 nt
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8%
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19 nt
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75 nt
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10%
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15 nt
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55 nt
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15%
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10 nt
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52 nt
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20%
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5 nt
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35 nt
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四．染色：
单链RNA推荐用RealSafe Red（货号：GR002）或RealSafe
All（货号：GR004）染色，两种染料均可以得到清晰的条带分离效果。
注：其余染料如GelRed，Goldview，EB等染色效果不好。
● 注意事项：
1. 单链RNA Marker产品适用于变性PAGE垂直电泳，不适用于水平琼脂糖凝胶电泳。
2. 建议单链RNA Marker现用现配，因为混合有上样缓冲液的单链RNA稳定性不好。
3. ssRNA实验样品序列和实验样品上样量的不同，显示的片段大小与Marker可能会有微弱的差别。
● 电泳示例：
1. 使用RealSafe Red核酸染料（货号：GR002）染色：
2. 使用核酸快速高灵敏度染色试剂盒（货号：RTS5101）染色：
